Начало Второй мировой войны (1 сентября 1939 года) застало генерала Деникина на юге Франции в деревне Монтэй-о-Виконт, куда он выехал из Парижа для работы над своим трудом «Путь русского офицера». Согласно авторскому замыслу, эта работа должна была являться одновременно введением и дополнением к «Очеркам русской смуты». Вторжение немецких войск на территорию Франции в мае 1940 года заставило Деникина принять решение спешно покинуть Бург-ла-Рэн (под Парижем) и на машине одного из своих соратников полковника Глотова выехать на юг Франции к испанской границе. В Мимизане к северу от Биаррица машину с Деникиным настигли немецкие моторизованные части. Был заключён немцами в концентрационный лагерь, где ведомство Геббельса предлагало ему содействие в литературной работе. Отказался от сотрудничества, был отпущен и поселился под контролем немецкой комендатуры и гестапо на вилле друзей в деревне Мимизан в окрестностях Бордо. Многие из книг, брошюр и статей, написанных Деникиным в 1930-е годы, оказались в списке запрещённой литературы на территории, контролируемой Третьим рейхом, и были изъяты.
Отказался регистрироваться в немецкой комендатуре как лицо без гражданства (которыми являлись русские эмигранты), мотивировав это тем, что он является гражданином Российской империи, и это гражданство у него никто не отбирал.
В 1942 году немецкие власти снова предложили Деникину сотрудничество и переезд в Берлин, на этот раз требуя, согласно трактовке Ипполитова, чтобы он возглавил антикоммунистические силы из числа русских эмигрантов под эгидой Третьего рейха, но получили решительный отказ генерала.
Гордеев, ссылаясь на полученные в архивных документах сведения, приводит информацию, что в 1943 году Деникин на личные средства направил Красной армии вагон с медикаментами, чем озадачил Сталина и советское руководство. Было принято решение медикаменты принять, а имя автора их отправки не разглашать.
Оставаясь убеждённым противником советского строя, призывал эмигрантов не поддерживать Германию в войне с СССР (лозунг «Защита России и свержение большевизма»), неоднократно называя всех сотрудничающих с немцами представителей эмиграции «мракобесами», «пораженцами» и «гитлеровскими поклонниками».
При этом, когда осенью 1943 года в Мимизане, где проживал Деникин, был расквартирован один из восточных батальонов вермахта, смягчил своё отношение к рядовым военнослужащим из бывших советских граждан. Он полагал, что их переход на сторону врага объяснялся нечеловеческими условиями содержания в нацистских концлагерях и изуродованным большевистской идеологией национальным самосознанием советского человека. Взгляды на Русское освободительное движение Деникин выразил в двух неопубликованных очерках «Генерал Власов и власовцы» и «Мировая война. Россия и зарубежье».
В июне 1945 года после капитуляции Германии Деникин возвратился в Париж.